En 1972, Misaki, estudiante de la clase 3-3 de la Yomiyama North Middle School, murió repentinamente a mitad de curso. Impactados por la pérdida, sus compañeros y profesores siguieron actuando como si aún estuviera con vida. Tal es así que incluso pudo vislumbrarse una extraña presencia en la foto de graduación.

En la primavera de 1998, un chico de 15 años llamado Koichi Sakakibara es trasladado a esa misma clase, ahí conoce a Mei Misaki, una chica bastante rara a la que tanto sus profesores como compañeros de clase ignoran. Inesperadamente una serie de asesinatos causa la desesperación entre los alumnos de la clase 3-3. Koichi y Mei descubren que esas muertes están relacionadas con la de Misaki en 1972 y se proponen descubrir qué las causa y cómo detenerlas antes de convertirse en las próximas víctimas.