Neon Genesis Evangelion: Anima presenta un universo alternativo al de la serie original de 1995 y películas complementarias, en el que algunos eventos han ocurrido de forma diferente, retomando la historia de Shinji tres años después de los ocurrido en “The End Of Evangelion”

Tras haber logrado salvar el mundo de su destrucción, por primera vez en mucho tiempo, la humanidad comienza a mirar al futuro con esperanza. Para evitar que las tragedias del pasado se repitan, Nerv implementa un sistema de vigilancia orbital compuesto por tres unidades Evangelion serie 0.0 que flotan alrededor de la Tierra formando un triangulo perfecto alrededor del Ecuador. Pero cuando uno de los tres robots se sale de su órbita y comienza a caer a la Tierra en dirección a Tokyo-3, los problemas no harán más que comenzar.